El 70% de lo que no me gusta en wikipedia

Bueno, dodo, me voy de congreso. Ya tengo todos los OK. Debo confesar que en realidad si tengo twitter, pero sólo lo conocen los del capítulo italiano. Oportunamente lo publicaré, para los sólos efectos del seguimiento del congreso.

Y ¿de qué voy a hablar en este congreso? Pues de ciencia, claro está. De pedagogía de la ciencia mediante tecnologías de la información.

Verás, dodo: imagínate que con cierto amigo sostengo unas claves de tratamiento en mi página de usuario. Imagínate, además, que durante un año entero he firmado en wikipedia con algo que tiene que ver con un destacado que está preparando, por ejemplo, "Clarence Wing". Imagínate que implico a bastante gente en un artículo que me parece de extraordinaria importancia. Imagínate además que en la universidad que estudié, había una financiación algo más que generosa para la producción industrial del material que va a ser objeto de desarrollo en el artículo destacado.

Imagínate que advierto que precisamente falta desarrollar todo lo que tiene que ver con ese proceso industrial, y que la bibliografía de la que dispongo está muy desactualizada. Imagínate que tengo muy poco tiempo y que además estoy pendiente de otro artículo, que a su vez me lleva a desarrollar un aspecto de la patología que desconocía.

Imagínate que yo necesitaba pasar las navidades con una amiga que conocen algunos wikipedistas y que considero mi hermana. Es más: fue la testigo de mi boda. Por tanto, no tenía demasiado tiempo. Aun así, en mis borradores hice un desarrollo del problema realmente impresionante: no existe nada parecido, ni en la literatura ni en internet. Y todo ello porque me gusta trabajar de un modo particular.

Me jodió profundamente que luego fueran enredando con mi amigo. Que rompieran esa magia de las claves personales y la colaboración, o sea, disfrutar editando. Esa persona no para de enredar. Y extiende muchos más memes que tu: es más, distorsiona los tuyos a su conveniencia.


Eso es solo la punta de la punta del iceberg. Pero las personas cambian y crecen, y tengo la esperanza de que hayamos aprendido y toda aquella etapa se cancele y yo pueda volver a disfrutar haciendo grandes ediciones sin que me toquen los cojones. Y sobre todo, editar sobre lo que crea que más me motiva en ese momento sin que nadie se dedique a interpretar los porqueses ni los porquenoes. Libertad, en una palabra, amigo dodo. Fue por ello por lo que hice un títere: no tenía ganas de que me vigilaran mis páginas nuevas y especularan sobre lo que estaba haciendo. Me gusta el jazz y me forré a hacer artículos de jazz. Me gusta la literatura alemana medieval, la poesía griega contemporánea, y no tenía ganas de ser interpretado. Si hacía un artículo sobre un cuadro, ya tenía automáticamente un comentario en mi PU. Y un montón de cosas que no te cuento. Gustavocarra había dejado de ser libre, y sólo resurgió para montar el capítulo. Y durante el periodo de formación del capítulo hubo amenazas de serias tocadas de huevos por la misma persona, que continuaron produciéndose después de Polonia.

Te he dicho que creo que la gente cambia con el tiempo: tal vez haya en este congreso una vía de cancelar el enorme daño que me ha hecho ese 70%. Todo está en que tenga ganas de entender y no de tocarme la genitalia.

Deséame suerte.

Las redes en el arte

Pues he encontrado esta página sobre las representaciones artísticas del concepto de red. La de la derecha representa una red de interacción de proteínas. Esto viene para que la gente se haga una idea del rompecabezas que trato de resolver: cuando se toca algo, todo cambia. El color rojo significa que si silenciamos esa proteína, el efecto es la letalidad, y el amarillo, que ralentiza el crecimiento. El verde, que es no letal, y el amarillo, que aún no se ha evaluado.

Hay muchas herramientas bioinformáticas y de biología de sistemas (SBML, por ejemplo) que nos permiten pintar paisajes como éste, que fundamentalmente no significan nada. Es más, es engañosísimo. Sin la adecuada profundidad teórica, todo esto es ininteligible. Aunque si muy sugerente, claro está.

Lo digo por varias cosas: en metodología de la ciencia estoy impartiendo a mis alumnos los famosos criterios de Bradford Hill. El artículo no está en la wikipedia en español, y no pienso hacerlo. Bien, básicamente esos criterios, lo que dicen es que una correlacción, y sobre todo la fuerza de esa correlación es un indicio de una conexión causal. Son "sugerentes". Pero no una demostración de que existe una relación causal. Veámoslo de otro modo: existe una fuerte correlacción entre el grado de amarillez de tu dedo y la incidencia del cáncer de pulmón, pero obviamente no es la causa.

Del mismo modo este mapa, o emulaciones, son un indicio, un sistema muy complejo de correlaciones sucesivas y fuerzas de asociación para el que existe una matemática complejísima. Incluso podemos creer que una tractografía, un mapa de internet y una red de interacciones de proteínas obedecen a las mismas leyes. Pero eso no es suficiente, y mucho menos es ciencia: matemáticas, si. Informática, también. Pero ciencia no.

Lo que pasa es que tanto la mátemática como la ciencia son instrumentos. "Hacen lo que les mandamos". Aunque últimamente me encuentro que en realidad somos nosotros los que tenemos que hacer lo que nos mandan "ellos". Pues ni nos ni nos doblaron, ni nos doblegaron, ni nos van a domesticar. Nick Lane es una prueba de ello, y espero que andando los meses, los referees me permitan darle una aportación a su altura.

Uy... se me ha escapado.

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¿Oiga, y no sería mejor que los biólogos teóricos y moleculares aprendiéramos de los matemáticos, de los químicos, de los patólogos, de los informáticos, que colaboráramos y no compitiéramos? Digo yo... Hay lugares donde se hace... Por ejemplo, llamas al MIT, preguntas quien te puede hacer esto y lo otro, y te contestan amablemente que en un par de horas está resuelto. Y resulta que la persona que te lo va resolver y que está a varios metros de la persona con quien hablas es un amiguete... a veces esas cosas le pasan a la gente.

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Bueno, pues ya he encontrado la solución a porqué tengo tanto tráfico, y de paso la confirmación de que si, algunos grandes bloggers de ciencia me leen. Y no es por wikipedia: Mi otro blog de wikipedia tenía un tráfico ridículo. A veces, el punto amarillo tiene más importancia de lo que uno cree. Y cuando hoy vi por donde iban los tiros, casi no me lo podía creer... La señora de la foto es mi prima.

Ya ves tu.

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The Age of Adz y la Esquizofrenia.

Sufjan Stevens, otro de los favoritos de este blog, no ha hecho finalmente un álbum por cada uno de los Estados Unidos, pero la verdad es que no ha perdido el tiempo. Este mes ha sacado este extrañísimo y desacostumbrado trabajo, inspirado en la obra pictórica del artista esquizofrénico Royal Robertson. Hay un desconocidísimo artista, Alber Porta, más bien conocido por sus heterónimos, que primiero fue Zush y luevo EVRU. Asistí a la última exposición de Zush en el Reina Sofía. Ninguno de "ambos", ni el propio Albert están en la wikipedia en español a pesar de ser un artista fundamental, pero si está en la inglesa. Nuevamente, no pienso hacer el artículo. Zush también padece esquizofrenia.

Desde aquí quiero hacer un homenaje a mi artista esquizofrénico de cabecera (que no es Pablo) y con quien mantengo una increíble charla todas las semanas. Ya se sabe: Lunes bailes de salón con Claire, Martes conversaciones científicas, y el día que toca, hablo con Fer. Tiene una capacidad de ironía increíble, una cultura asombrosa, una forma envidiable de relativizarlo todo y nos reímos durante horas. Es una auténtica válvula de escape con una mente maravillosa.

La mayor parte de las veces, la gente esquizofrénica es maravillosa. Y estoy orgulloso de ser su amigo. Lástima de que no me hayan dejado meter los dedos en el correspondiente artículo, después de haber acumulado una burrada de bibliografía el año pasado un año. He de decir que cogí uno de los peores cabreos de los últimos cinco años.

Yo pienso ¿quien mejor y más motivado para hacer un artículo, alguien a quien le da igual, o alguien que tiene motivaciones personales, como amigos, por ejemplo, o familiares de amigos, y suficiente capacidad demostrada para darle una gran altura? Pues así de burros son. No entienden nada... Produce desolación.

Yo ya no sé si realmente se ven segundas intenciones, o más bien es que se quieren ver. Y dodo, no, no hablo de ti. Al contrario, tu me darías la razón.

Urgente: Marcelino Camacho

Tuve la inmensa suerte y privilegio de conocer personalmente al companero Marcelino. Una vez, junto a mi mujer, fui testigo de los ultimos momentos de un companero. "Caballero -me dijo mientras me tomaba de la mano- Me cabe el gran honor de haber luchado por la republica espanola". Esas fueron sus ultimas palabras antes de expirar. Mientras su color se hacia macilento, y con su brazo colgaba en un costado del lecho, mi esposa trataba de redactar un certificado de defuncion mientras yo improvisaba una despesida, alzando el puno derecho y cantando "viva la quince brigada".

Mi buen Marcelino, companero: descansa. Lo peor nos queda a los que te hemos sobrevivido.

Hasta siempre.

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Actualización:

Marcelino Camacho no ha fallecido. Se trataba de un Hoax que difundieron desde una cadena de radio que estaba oyendo en ese momento. Leer comentarios.

Finalmente se ha producido el fallecimiento. Valga, por tanto, el contenido de este post como homenaje a aquella persona que vestía de manera sencilla, y que firmó un autógrafo a un servidor cuando yo era muy jovencito en mi querido archivador azul. Esa firma sí que la subiré a wikipedia cuando la encuentre. Hasta siempre, Marcelino.

La hipótesis CORR

Recapitulando: La cadena respiratoria (en la imagen) está ampliamente extendida, tanto en eucariotas como en procariotas. Básicamente consiste un conjunto de complejos de proteínas que se bombean iones de hidrógeno através de una membrana muy sellada y muy delgada (unos 40 angstroms). En un condensador, esto se llamaría un dieléctrico. Los iones de hidrógeno son los que hacen que algo sea ácido: en definitiva, cuando medimos el pH de algo, lo que estamos midiendo, a groso modo, es la concentración de iones de hidrógeno.

Por tanto, los componentes de la cadena respiratoria realizan dos tareas: producen un potencial eléctrico aumentando el número de cargas positivas a un lado de una membrana, y al mismo tiempo suben el pH de ese mismo lado. La combinación de ambos efectos se conoce como "fuerza protón-motriz". El voltaje cuenta un 80% del efecto, mientras que el pH un moderado 20%. Parte de los iones de hidrógeno (o sea, protones) se emplean en la generación de ATP, la "moneda" energética de las células. Otra pequeña parte se cuela, o bien directamente por la membrana, o bien por proteínas "desacoplantes", y de esa forma se genera calor. También es importante una pequeña parte en el transporte de sustancias al interior de la célula.

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¿Cómo puede entonces extraerse más energía? De varias formas:

• Puesto que se necesita una membrana para separar las cargas, aumentando la superficie de membrana. Aquí tienen ventaja las procariotas: al ser más pequeñas, su relación superficie/volumen es mayor.
• Aumentando la velocidad de flujo de electrones: los protones son bombeados gracias a reacciones de oxidación/reducción en los complejos de la cadena respiratoria. Más flujo de protones significa más energía. Aquí, nuevamente, tienen ventaja las procariotas
• Aumentando el número de complejos activos. La ventaja decisiva, en este caso, la tienen los eucariotas, y ello es porque la regulación fina de cada complejo depende de que el ADN que codifica algunos elementos clave esté físicamente pegado a la membrana donde se realiza la respiración celular. Esto es lo que se conoce como "hipótesis CoRR" o hipótesis de la co-localización". El artículo no está en la wikipedia en castellano y no pienso hacerlo

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En realidad, los complejos de la cadena respiratoria no son como aparecen en la imagen: están ensamblados entre si, y sus intermediarios son canalizados muy estrechamente entre complejos. A parte de los protones, unos lípidos especializados de la propia membrana, las "quinonas" (por ejemplo, la famosa coenzima Q₁₀) que producen un "pool" de alta energía en la propia membrana. El acoplamiento de estas "nanomáquinas" es extremadamente complejo, sometido a una estricta estequiometría y además está sometido a un enorme desgaste y a la necesidad de mantener un flujo que en ocasiones funciona por efecto túnel, de modo que su velocidad es rapidísima. Por ello, parte del ADN de la célula se mantiene en la mitocondria, justo para codificar unas pocas proteínas de la cadena respiratoria.

La mayor parte de ellas pertenecen al ya famoso "complejo I" o NADH deshidrogenasa. Tener tan pocos genes permite al cromosoma mitocondrial crear muchas copias. Tantas, que si sumáramos todo el ADN de todas las mitocondrias, su longitud (en pares de bases) superaría a la del núcleo.

¿Qué diablos dice Nick? Y de paso, qué tiene que ver con [[fosforilación oxidativa]]

Prometimos analizar el artículo de Nick Lane. Bien, ya sabemos que además de bioquímico, Nick Lane es ante todo un biólogo teórico desacostumbrado. Primero, por sus inmensos conocimientos humanísticos y segundo, porque con un tipo así no se necesita un equipo multidisciplinar. Pero por encima de todo, lo que me hace admirar a Nick y tenerle como mi modelo es su inmenso amor por el dato. También es una persona extremadamente afable y de amistad fácil. En su anterior libro: "Power, Sex, Suicide", la trilogía de las mitocondrias, ya nos mencionó a William Martin, así que ¿porqué no colaborar? Y eso han hecho.

Parte del artículo es repetir nuevamente sus esquemas, y por ello parte de su bibliografía es vieja y reciclada. Pero es lo que hay: La preeminencia es una regla sagrada del buen citador.

De Martin repite lo mismo: Lynn Margulis no tiene razón. La mitocondria no es algo tan sencillo como un antiguo parásito que se convirtió en simbionte, sino que probablemente un metanógeno y una alfa-proteobacteria sintróficos fueron acoplando paulatinamente su metabolismo hasta constituir una quimera. Prueba de ello es que no se ha encontrado ningún organismo eucariota amitocondriado o sin señales de haber tenido alguna vez mitocondrias. Eso significa que la propia mitocondria fue la responsable de la existencia de los eucariotas, o dicho de otro modo: que no hay siquiera concepto de eucariotas sin mitocondrias.

Un organismo quimérico es un organismo que tiene rasgos de otros dos. Por ejemplo, casi todos nuestros lípidos serían bacterianos.

Otra de las cosas con las que polemiza con Lynn Margulis (una y otra vez) es que nunca existió una catástrofe oxigenada, es decir, que aquello que nos contaron de que la vida estuvo a punto de extinguirse cuando se inventó la fotosíntesis y que las células hicieron de la necesidad virtud aprendiendo a utilizarlo, nada de nada, porque sencillamente no existen evidencias en el registro fósil. Por tanto, aplíquese la navaja de Ockham. Es más: la respiración celular apareció antes que la fotosíntesis.

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Ahora bien, ¿qué se aporta de nuevo? Varias cosas, para empezar, un montón de datos. Y los datos suelen ser escasos, no es habitual ver en un artículo de biología teórica tanta profusión. Pero ante todo, presten atención a la gráfica de arriba.

En ella se comparan tres organismos: un procariota típico (Escherichia), un procariota gigante (Thiomargarita) y un eucariota (Euglena). Al primer vistazo ya se aprecia que el eucariota es de lejos mucho más complejo, tanto estructural como genéticamente, sin que importe el tamaño. Ahora sólo queda jugar con algunas correlaciones sencillas.

Escherichia bate todos los récords en energía producida por gramo de biomasa. Thiomargarita va bastante escasa, pero es porque en el centro tiene una vacuola enorme. Y Euglena... ni fú ni fa, más bien modesta.

Sin embargo, veamos si hacemos la correlación entre el número de genes y la cantidad de energía por gen: Euglena bate todos los records. Para ser exacto, es de mil veces más como poco. Hay que explicar eso de qué es la relacción energía/gen. En realidad se está hablando del coste energético de expresar un gen. ¿Y qué repercusión tiene eso?

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Es esencial. Veamos, fabricar un genoma, es decir, información, tiene un coste en términos de energía. Sólo replicarlo (no expresarlo) conlleva un 2% de toda la producción energética de una célula. Si una bacteria quisiera tener el mismo número de genes que un eucariota, sin contar el mal llamado "ADN basura", eso le conllevaría emplear el 20% de su energía sólo en la replicación. Pero eso no es lo peor: el coste energético de las proteínas (que, en términos muy generales, procede de la expresión de un gen) exige el 75% de la energía celular. Por tanto, habría muchísimo menos energía por proteína. Y eso es, sencillamente, inviable.

Las bacterias ya han evolucionado para optimizar las restricciones energéticas que les impone su estructura: su genoma es pequeño, compacto, ordenado en operones y además sus proteínas nunca suelen alcanzar un tamaño muy elevado. La conclusión es clara: Las bacterias no pueden "inventar" nuevas proteínas, y por tanto, no pueden desarrollar complejidad.

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Y entonces ¿porqué nosotros, los eucariotas, si que podemos hacerlo?

La respuesta es tajante: gracias a las mitocondrias, y en concreto, especialmente gracias al complejo I que ya hemos discutido en este blog.

Verán: la fosforilación oxidativa es un proceso celular que extrae energía de los nutrientes a través del oxígeno. Lo hace tan eficientemente, que está muy próximo al límite termodinámico. Diría que no existe artilugio humano ni remotamente tan eficiente. Este proceso no es exclusivo de eucariotas: muchos procariotas lo realizan, poseen estructuras de membrana especializadas para aumentar la superficie respiratoria y su flujo es aún mayor que en eucariotas. Pero en eucariotas se produce en las mitocondrias. Para que se hagan una idea, la oxidación de los sustratos necesarios para llevarla a cabo genera una diferencia de potencial de 30 millones de voltios por metro en mitocondrias. Mucho mayor que un rayo.

Y esta es la clave: la densidad de energía es tan grande, y debe responder tan rápidamente a los condicionantes ambientales, que sólo es posible si el genoma que codifica las proteínas de la fosforilación oxidativa está físicamente pegado a la membrana donde se produce. Esto sucede en procariotas: en su nucleoide, las zonas que codifican las proteínas del OXPHOS (en la gerga científica, sistema de fosforilación oxidativa) se tienden a situar pegadas a la membrana plasmática. A veces generan cromosomas adicionales "plásmidos". Pero eso no tiene comparación con un genoma minúsculo como el de la mitocondria. Las mitocondrias pueden situar muchísimo más genoma junto a sus membranas. Eso es porque el genoma "sobrante" de sus antepasadas alfa-proteobacterias ha sido transferido al núcleo celular. Para detalles finos lean cuando termine de redactar [[fosforilación oxidativa]] en wikipedia.

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Bueno, ya hemos dicho demasiado para comenzar. Esto es bastante para una primera reflexión. continuaré con otro post.

El sueño del celta

"Nuevamente me hago viejo
pero eso es que crezco en mi vida
con las metas que voy alcanzando
pero siempre vuelvo a mi mismo
siento que la presión vuelve otra vez sobre mi
pero me limpiaré, como hice antes
siento que la oscuridad planea nuevamente sobre mi
pero voy a volver a ser limpio desde ya"

Glanfaidh Mé: (Estoy haciéndome más limpio). Kila.

En la carrera elegí Antropología como optativa. Entonces nos enseñaron que la mayor abundancia del haplotipo céltico de toda Europa estaba en Palencia. No me creo mucho el tema, pero si recuerdo desde mi infancia algunas cosas raras, como la veneración por los árboles o las fuentes. De los árboles sagrados de mi pueblo he dejado constancia en commons. Incluso el ayuntamiento ha dejado carteles explicativos.

En fin... ojalá estuviera a la altura de mis ilustres antepasados[1][2][3]. Jamás podré alcanzarles, aunque procuro humildemente hacerlo a mi modesta escala. Su ejemplo heroico me inunda, y no tengo miedo a la muerte porque sé que me conducirán por una alameda estrecha, junto a los históricos tres manzanos de mi familia, para reposar hueso con hueso con ellos. Por que juntos hemos formado una cadena secular de amor a la gente y a la tierra.

Hoy he estado y sigo profundamente triste, mi querido y triste amigo celta. Sad es triste en inglés. Y ya que tiene un blog que se llama "precaución, se lee", lea por favor, cuando salga, el libro "El sueño del celta" de Mario Vargas Llosa.

Le juro que se me caían las lágrimas cuando vi en las páginas de "El País Semanal" las imágenes de dos Congoleños agrilletados. Y sobre todo, vea esa viñeta de Sonia Pulido que ilustra el editorial de Javier Marías: toda una jauría de perros rabiosos acosando a alguien que intentaba hilar una argumentación.

Señor celta: No sólo es leer... es asimilar, tener humanidad, y sobre todo, sobre todo, respeto por los antepasados. Se lo dice un celta de verdad. Aún con lágrimas en los ojos mientras escribe esto.