Mi obsesión

Es hacer [[célula]] 2.0 No es nada personal. Sólo negocios, como dijo Turner. Es uno de los artículos más visitados en wikipedia. Uno de los que crea paradigma y tiene más impacto. Es una responsabilidad. Y voy tocando los temas esenciales: núcleo, mitocondria, citoesqueleto.

Estoy seguro de que un salto en este artículo supondrá un salto en wikipedia. El factor "loco" que dice mi amigo Juan de la Cruz. Pues eso, y dejémonos de chorradas.

Liberando materiales: Imagina que una review de referencia se hace en wikipedia... ¡Arsénico, por compasión!

Si gano 100 M€ en los euromillones contrataría a un equipo de emuladores informáticos, eso si, disciplinados y poco levantiscos.

Este vídeo muestra una reconstrucción mediante tomografía electrónica (no criotomografía) una sinapsis tipo "Cáliz de Held" de gato, que es el más exigente desde el punto de vista energético, puesto que está en el sistema auditivo y debe responder a frecuencias de disparo muy altas. A los pobres 4 gatitos se les sacrificó con barbitúricos y luego se les realizó una perfusión con paraformaldehído. (sólo eran cuatro gatos, en fin, podrían haber tenido un destino peor, puesto que Gaeddal es un gatófago confeso XD)

Lo interesante es que muestra dos cosas: cómo existe un aparato de anclaje de las mitocondrias a la membrana presináptica. Pero que además, los agujeros de comunicación entre las crestas mitocondriales y la membrana interna "apuntan" hacia la superficie sináptica.

Está claramente establecido que la producción de ATP (la "moneda" energética de la célula) depende de la superfice crestal: más superficie de crestas significa más ATP. Ahora bien, una interpretación de esta imagen es que a ese ATP no se le deja difundir libremente, sino que se le "dispara" hacia donde se necesita.

Uno de los grandes problemas que tengo con [[fosforilación oxidativa]] es conocer la regulación de la topología de distribución de los complejos respiratorios. Según un trabajo, parece ser que el 70% es intracrestal. Veamos: las crestas mitocondriales se unen a la membrana interna mitocondrial mediante un delgado tubo. Las prohibitinas son un grupo de proteínas que saben como "combar" los lípidos, e intervienen en la endocitosis. Forman un anillo de 200 angstroms. El tema es que además tienen función de chaperonas, es decir, que modifican las proteínas para que adquieran el plegamiento que les hace operativas.

Recapitulando: en el complejo I tenemos un conjunto de proteínas esenciales en el metabolismo energético, y son 14. Siete de ellas son codificadas por el núcleo y siete por el genoma mitocondrial. Las siete del genoma mitocondrial forman la porción del complejo I que "flota" en la membrana interna mitocondrial, mientras que las nucleares son las que sobresalen hacia la matriz. Todas las mitocondriales se ensamblan en la cresta, mientras que las otras se ensamblan en la porción de la membrana interna libre de crestas. No hay un trabajo científico publicado, pero creo sin dudar que todos los complejos activos se encuentran dentro de las crestas interpretando estos datos, pero si lo digo es fuente primaria. Ahora, eso no implica que no cite la evidencia existente de una manera que haga que la gente saque sus propias conclusiones.


Si las variaciones en la superficie crestal (tejido y organismo dependientes) producen una cantidad de energía de acuerdo a las necesidades locales, y la difusión de su producto está "disparado", es decir, dirigido mayormente hacia donde se necesita como un "chorro", lo cual es un tubo canalizador que permite un cierto grado de "filtración" de energía aprovechable por otros sistemas situados lateralmente.

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Wow, una de las cosas interesantes que veo en este video es que las mitocondrias están "ancladas" a la membrana presináptica por dos estructuras, la placa mitocondrial, unida a la mitocondria, y los puncta adhaerentes, de la membrana postsináptica mediante una serie de cables, en cuya composición entran todos los elementos del citoesqueleto. Esto tiene una serie de implicaciones reveladoras alucinates en cuanto a la relación entre los distintos elementos del citoesqueleto.

¡Citoesqueleto! Veamos: tengo claro que las tubulinas están preferentemente asociadas a estructuras sensoriales, y están recorridas por dinaminas, es decir, trenes, motores moleculares que utilizan los microtúbulos como vías de ferrocarril, y que estas tubulinas están marcadas con un complejo sistema de señalización similar a "cambios de agujas". Lo curioso es que las inmóviles tubulinas hidrolizan GTP, al igual que la proteína OPA1, que determina la distancia entre las dos membranas mitocondriales y la amplitud del poro que da acceso a la cresta. El GTP es fácilmente intercambiable por ATP: es como el euro y el dólar. ¿Esa espúrea hidrólisis de GTP es un sensor molecular?

Luego están los microfilamentos de actina (el artículo es mío, al menos en la parte más fiable). La actina hidroliza lentísimamente ATP, y en cada estado intermedio se une a proteínas específicas. Aparentemente, y dentro de flexibles acotaciones, el citoesqueleto de actina parece más interesado en estados internos. De hecho, es un promotor de la expresión génica. Sorprendentemente en plantas hay más isotipos de actina, en concreto 26 contra los sólo 6 de los animales. Pero la anterior afirmación resuelve parcialmente el caso: coordinar dos metabolismos energéticos (cloroplastos y mitocondrias) supone una mayor exigencia interna.

Los filamentos intermedios son un gran misterio que no acabo de resolver, a diferencia de los anteriores. La cuestión es que ante una función de relación (auditiva) que tiene una elevadaexigencia energética (400 hz de media en el oído) se concitan todos los "popes" celulares. Ser lo que somos depende de compejos sistemas que tienen como base la energía. Exactamente igual que nuestra economía.

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OXPHOS (fosforilación oxidativa) me lleva tiempo. Pero es que es uno de esos sitios en que la biología tiene lecciones que dar a la vida real, por ejemplo, cómo resolver una crisis económica. La biología es un punto central entre disciplinas, y por tanto comporta una respodensabilidad. La NASA acaba de publicar un descubrimiento en el que una cepa de Halobacterium puede utilizar arseniato en lugar de fosfato inorgánico en las funciones celulares, debido a que el arsenio está justamente debajo del fósforo en la tabla periódica y tiene propiedades químicas casi idénticas, aunque un radio atómico mucho mayor. Es un gran paso hacia la "vida algorítmica". ¿Y por dónde demonios pensáis que se incorpora arseniato al metabolismo? No es fuente primaria: la ruta está trazada por los autores del artículo, pero no hace falta ser un genio...

Lantana y Oliverio Girondo

Aqui os dejo a Lantana en un concierto ofrecido en la FNAC de Alicante cantando a la fragilidad humana. Hoy he estado tan agotado que casi no podía dar clase. En fin, además pongo un poema de Oliverio Girondo para recordarme que, en fin, a pesar de todo aún queda margen para salir volando desesperadamente.

Abandoné las sombras,
las espesas paredes,
los ruidos familiares,
la amistad de los libros,
el tabaco, las plumas,
los secos cielorrasos;
para salir volando,
desesperadamente.

Abajo: en la penumbra,
las amargas cornisas,
las calles desoladas,
los faroles sonámbulos,
las muertas chimeneas
los rumores cansados,
desesperadamente.

Ya todo era silencio,
simuladas catástrofes,
grandes charcos de sombra,
aguaceros, relámpagos,
vagabundos islotes
de inestable riberas;
pero seguí volando,
desesperadamente.

Un resplandor desnudo,
una luz calcinante
se interpuso en mi ruta,
me fascinó de muerte,
pero logré evadirme
de su letal influjo,
para seguir volando,
desesperadamente.

Todavía el destino
de mundos fenecidos,
desorientó mi vuelo
-de sideral constancia-
con sus vanas parábolas
y sus aureolas falsas;
pero seguí volando,
desesperadamente.

Me oprimía lo flúido,
la limpidez maciza,
el vacío escarchado,
la inaudible distancia,
la oquedad insonora,
el reposo asfixiante;
pero seguía volando,
desesperadamente.

Ya no existía nada,
la nada estaba ausente;
ni oscuridad, ni lumbre,
-ni unas manos celestes-
ni vida, ni destino,
ni misterio, ni muerte;
pero seguía volando,
desesperadamente.

Porqué me he detenido en fosforilación oxidativa

El problema es que desde mayo han aparecido nuevos datos, entre ellos el modelo molecular cristalográfico a alta resolución de su enzima principal, el complejo I respiratorio.

Esta enzima es totalmente clave: dependiendo de los datos disponibles, puede tranquilamente invalidar la estructura de todo el artículo existente. Por ejemplo: Se concede todo un apartado a transportadores de electrones. En el se afirma que la coenzima Q difunde libremente por la membrana. A día de hoy, el peso de la evidencia muestra que esto es falso.

Otro apartado es la tunelización de electrones. En mi redacción provisional realizo una interpretación en la que hablo de que el primer electrón transferido crea como una especie de "orbital". Un trabajo muy reciente muestra que en realidad es así, es decir, que el electrón, en lugar de "saltar", discurre por un cuasicontinuo en el que intervienen residuos específicos y el agua interna.

Evidentemente, yo acerté, pero estaba haciendo fuente primaria, cosa que no es aceptable. Con este nuevo artículo queda solucionado el problema de la fuente primaria.

A veces hay que esperar.

Los pelos de la gatera: El futuro

A la derecha, foto de grupo de los asistentes a Wikimanía 2010. Si se hace click sobre la imagen se puede ver, casi al lado de Jimbo y del poste donde Cary Bass hace el cabra a un servidor y al presidente de Wikimedia España haciendo el ídem. Esta foto, en la que falta mucha gente, es una muestra de aquello a lo que hemos accedido y en lo que nos hemos integrado: un movimiento internacional que tiene como valor fundamental la promoción del conocimiento libre a través de unos proyectos que representan alguno de los sitios de internet más visitados, realizados de forma colaborativa y altruísta.

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He estado dando la paliza bastante estos días. Al menos sé que entre los palentinos hay nobleza y nos sabemos perdonar. Sin embargo era necesario: es muy importante saber quienes somos, tener claro los valores por los que luchamos, y comenzar a pensar que la gente debe dejar de estar convocada por aspectos organizativos básicos, como la redacción de estatutos, y comenzar una segunda etapa de organización, basada en el aumento de la afiliación y la gestión de proyectos y relaciones institucionales. Me preocupa que WM-ES se convierta en un mero club de fans de wikipedia. Debemos dar otro salto, volver a replanificar el capítulo, aunque esta vez sin presiones, con más tiempo, y sabiendo que ya contamos con los logos y el apoyo institucional y financiero de la Fundación.
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He mencionado alguno de los problemas que hemos tenido que dejar en "stand by" para aprovechar oportunidades: Los problemas con las comunidades de proyectos en lengua no castellana, Los problemas con la comunidad y en especial con grupos de grandes usuarios y lo que yo llamo "el enemigo interior", es decir, gente que está en el capítulo pero que lo conduce hacia dinámicas distintas a lo que se espera de un capítulo.

Pienso que los dos primeros problemas se pueden resolver a medio plazo. Se han esbozado soluciones para la comunidad euskaldun y pienso que es posible llegar a un buen acuerdo con la comunidad catalana. La capacidad de financiación de proyectos acabará por convencer al resto. Pero no podemos recoger este hilo con iniciativas a salto de mata: es necesario hacer un análisis profundo de los problemas concretos y tener la valentía sufiente como para flexibilizar posturas. Ello incluiría, en mi opinión, un apoyo por parte de WM-ES a la formación de WM-CAT si se dan las circunstancias necesarias.

En cuanto a las relaciones comunitarias, es necesario tener en cuenta varias cosas:

*Uno, informar de forma suficiente y transparente a la comunidad. Poner cuidado en no generar confusiones ni interferencias. Permitir la libre implicación de los miembros de la comunidad.
*Dos, buenas relaciones y colaboración entre los dos proyectos. La comunidad y sus necesidades deben ser tenidos en cuenta en la planificación de objetivos. Es importante que se comprenda que aunque no interferimos en los proyectos, estamos sobre todo para apoyarles, desde el punto de vista financiero, institucional, de lobby para liberar contenidos y también promocional. En este último apartado debemos tener muy en cuenta las relaciones académicas.
*Tres, cuidar y recompensar a los editores ejemplares, contando con la comunidad para aplicar tales recompensas.
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El tercer problema es de difícil solución y me preocupa muchísimo. Parte de usuarios que tal vez necesitan un poco más de madurez. Cuando se está en una asociación hay que aparcar los temas personales, y más cuando se utilizan de una forma clarísimamente manipulativa. Creo sinceramente que sin este tipo de obstáculos el capítulo hubiera ido mucho mejor, y más cuando hay una ausencia total de propuestas.

Unido a esto, y en consonancia con ello, tenemos el asunto de los que acceden al capítulo para destacarse. Tenemos todo tipo de ideas, pero ninguna de ellas vinculada a un esquema organizativo ni a objetivos globales. Es importante comprender que en un capítulo no procedemos acumulando material desorganizado vomitándolo cuando a uno le viene en gana, como en Wikipedia. Aquí se planifica. Hasta ahora he apoyado ese tipo de intervenciones a la espera de que se produzca el cambio. Pero no hay señales de que eso se pueda producir, y mucho me temo que se debe a esas influencias personales de las que hablo, pero está claro que aun sin mi presencia seguirán con la misma actitud.

Me preocupa porque de llevar la voz cantante en el capítulo acabarán por hacer que sea el temido "club de amigos de wikipedia", es decir, es el peor final para el capítulo, su muerte y el más grave de los "worst cases". Y veo que sin otro empuje la cosa va camino de eso y que tal vez sea necesario apartar a la gente que no se implique en la planificación o ejecutar lo planificado e impedirles destacarse. A medio plazo será una fuente de tensiones muy importantes. Pero no podemos dejarnos envenenar así ni gastar energías y tiempo con elementos improductivos.

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Nos espera una etapa en la que podemos hacer uso de lo que se nos ha entregado. Deseo que sea un uso prudente y sabio. Es necesario tener una reunión de planificación tan exhaustiva como la que hicimos para sacar adelante el capítulo. Definir claramente las etapas y los objetivos con su correspondiente calendario, lo cual incluye la identificación de las relaciones que vamos a crear, a qué eventos vamos a asistir y qué mensaje debemos transmitir en esos eventos o a esas personas en consonancia con los objetivos propuestos.

Durante un año no deberíamos pensar siquiera en planificar grandes eventos de tipo Wikipedia Academy o Wikimanía. Creo que ni siquiera deberíamos desarrollar grandes actos. Durante este año, tomando prestadas las palabras de Gaeddal, debemos hacer "trabajo interior", o sea, generar tejido, desarrollar comités para no cargar a la Junta Directiva y por parte de ellos comenzar a hacer contactos institucionales que puedan apoyar los objetivos.
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Hasta aquí mis humildes reflexiones y consejos. Deseo mucha suerte a nuestro capítulo, y decirles que cuentan con todo mi apoyo, lo cual incluye, por supuesto, mi actividad. Por cierto: parece ser que soy el encargado del área GLAM. Vaya... me tocó la china.