El problema es que desde mayo han aparecido nuevos datos, entre ellos el modelo molecular cristalográfico a alta resolución de su enzima principal, el complejo I respiratorio.
Esta enzima es totalmente clave: dependiendo de los datos disponibles, puede tranquilamente invalidar la estructura de todo el artículo existente. Por ejemplo: Se concede todo un apartado a transportadores de electrones. En el se afirma que la coenzima Q difunde libremente por la membrana. A día de hoy, el peso de la evidencia muestra que esto es falso.
Otro apartado es la tunelización de electrones. En mi redacción provisional realizo una interpretación en la que hablo de que el primer electrón transferido crea como una especie de "orbital". Un trabajo muy reciente muestra que en realidad es así, es decir, que el electrón, en lugar de "saltar", discurre por un cuasicontinuo en el que intervienen residuos específicos y el agua interna.
Evidentemente, yo acerté, pero estaba haciendo fuente primaria, cosa que no es aceptable. Con este nuevo artículo queda solucionado el problema de la fuente primaria.
A veces hay que esperar.
jueves, diciembre 02, 2010
Porqué me he detenido en fosforilación oxidativa
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3 comentarios:
Gustavo:
No me jodas que vas a determinar la difusión o no de la encima por la membrana a partir de su estructura molecular.
Y el electrón ¿porque ves tan raro que flote por allí si no hay orbitales vacios? ¿a donde quieres que salte si no tiene un catión a tiro?
¿qué? Estructura=función. Una enzima tiene multitud de papeles. Cada posición de aminoácido es esencial: angstrom arriba o abajo puede cambiarlo todo.
No hay trampa: en la membrana interna hay un 75% de proteínas contra un 25% de lípidos. Los lípidos se ven obligados a cumplir funciones estructurales (pegamento,morfológicas vía minimización de entropía) al mismo tiempo que funciones no estructurales: (señalizadoras, reguladoras, contención de energía) Tienen lípidos dedicados, como la cardiolipina, que son reguladoras, determinantes de la actividad...
El otro día calculé cuanta energía se puede almacenar en cuatro cardiolipinas y coincide con los cuatro protones del complejo I. Curiosamente el complejo I está "adherido" a cuatro cardiolipinas. ¿Ejemplo de optimización bacteriana? ¿Optimización bacteriana vs versatilidad proteobacteriana?
Los electrones son luz. Los centros intramoleculares hierro-sulfuro son una fibra óptica. Controlar la luz es muy complicado, no puedes dejar que de "saltos" o creará zonas probabilísticas iluminadas. Si unimos el agua interna y aminoácidos de control deducidos de la cristalografía a la trayectoria del electrón vemos que este no "salta" (en términos de efecto túnel) sino que es guiado. El artículo está mal. Los 14 angstroms de los trabajos anteriores lo confunden.
Free knowledge. La ciencia también es arte. Y espero también demostrar que es wikipedia.
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